Ваше отношение к нумерической систематике

Это Вы о кладистике как я понял? Что-то в этом есть, а в целом - полный бред, ИМХО Все-таки признаки неравноценны. А таких работ, действительно, много. И русские есть.

Пока еще машина не может адекватно оценивать вес признаков, их действительное значение в эволюционном плане. В связи с этим получается либо ерунда, либо множество вариантов, также в полной мере не отражающих реальной картины. Мода на компьютерное моделирование, понимаешь, а оно, моделирование, к сожалению, пока псевдонаучно. Может быть, когда-нибудь...

"Объективная" кластеризация по субъективно выбранным признакам? IMHO абсурд.

К сожалению, слишком часто вклассификации (и дажее в биологии вообще) пользуются системой не потому, что она правильная, а потому, что она удобная и даёт точные результаты. Но точные, ещё не значит правильные.
Честно говоря, в последнее время сильно разочаровался в систематике.

По-моему, слишком много эмпирических выводов.

Я с методом не знаком, но считаю, что любой метод имеет право на существование. Истинность, определит время.
Учёные не должны постоянно соглашатся друг с другом, наоборот, в спорах (в том числе и методических) глядишь и определят истину.

Меня, честно говоря, изумили результаты голосования. Все равно как если бы предлагался опрос "Пользуетесь ли Вы мышкой при работе с компьютером" и большинство рассуждало бы в духе "Пока еще мыши недостаточно совершенны, чтобы быть полезными" или "Впервые слышу о таком устройстве..."
Численные методы систематики за последние 40 лет укоренились в науке очень глубоко, одни только российские биологи идут не в ногу. Это очень огорчает, тем более, что у истоков этих методов стоят такие известные русские ученые, как А.А.Любищев (энтомолог), Е.С.Смирнов и Н.А.Заренков, а также не менее известный W.Hennig (также энтомолог!).
Кроме того, не следует забывать, что нумерическая систематика не сводится к построению деревьев компьютерами, а включает множество различных методов, в том числе и так называемые "фенетические" методы (по сути, методы многомерной статистики). Наконец, по-прежнему велик объем "ручной", творческой работы: выбор внешней группы, выбор метода, составление матрицы признаков (самое важное!), анализ и тестирование результатов.
Да и как проголосовать в таком опросе, если я считаю, что численные методы быстры и удобны, и _в то же время_ равноценны другим методам?

  По-моему, слишком много эмпирических выводов.

Численные методы для того и придуманы, чтобы избежать эмпиризма.

Е.С.Смирнов - тоже энтомолог.

"Численные методы для того и придуманы, чтобы избежать эмпиризма. "
Бесспорно, численный метод не умозрительный, но он должен быть ещё и адекватным. Вновь повторюсь в том, что точный результат - ещё не значит правильный.

Солидарен с Великим Кормчим, что должны расти все цветы. Как какой-никакой специалист в численном моделировании, встану на защиту метода. Нужно трезво оценивать плюсы и минусы различных подходов, а не раскрашивать все в черно-белый.

Не надо смешивать кладизм (в т.ч., Хеннига) с нумерической систематикой. И использование морфометрии в систематике (Любищев) - это тоже не совсем сабж. Касательно же формализованного подхода к систематике - IMHO, здесь вообще прячется большая беда. Что мы мерить-то хотим? Некое абстрактное "сходство"? Время с момента разветвления ветви эволюционного древа? Что-то еще? А стоит последовательно применить какой-то принцип - и всю систему живого, особенно таксономические ранги, покорежит так, что сами не узнаете.

Чем отличается систематика, разработанная ученым от таковой, полученной на компьютере? Правильно, полнотой информации. Если нумерический подход плох именно вследствие однобокости классификации по малому числу признаков - совершенствовать нужно именно эту его часть. Как? - это уж другой вопрос. В конце концов, никто же не говорит о гегемонии одного подхода - "единственность" лоббируется сторонниками разных школ, получающих финансирование. Посмотрим на систему тестов в образовании, которую часто ругают за несовершенство, но которая исключает субъективную оценку результата. Такая система работает, к примеру, в Штатах, но достаточно тесно переплетается с сочинениями, индивидуальными проектами и проч.

Сообщение было отредактировано Nilson - 06.06.2006 09:02

>Чем отличается систематика, разработанная ученым от таковой,
>полученной на компьютере? Правильно, полнотой информации.

Не только полнотой. Еще и оценкой таксономического веса признаков. Понятно при этом, что у человека, не пользующегося формализованными методами, вес оценивается субъективно. Но будут ли лучше критерии, заложенные в некий алгоритм тоже человеком? Еще вопрос - что делать с коррелирующими признаками? Особенно, если мы не знаем, плейотропизм здесь или нет.

2 PVOzerski: если сабж -- не кладизм и не фенетическая систематика, то что есть сабж?

Если сабж -- не кладизм и не фенетическая систематика, то что есть сабж?

Кладизм в исходном виде (в смысле Хеннига) был лишен нумерической составляющей. Так что Сабж скорее не о нумерической систематике, а о нумерических методах в систематике.

"Посмотрим на систему тестов в образовании, которую часто ругают за несовершенство, но которая исключает субъективную оценку результата. "
Больной для меня вопрос. Я твёрдо стою на том, что тестирование - чушь собачья и возникла из лени и бездарности преподователей. Не вдаваясь в детали скажу, что это объективнпая оценка субъективного качества. Т. е. тоже что и нумерическая система. Я не хочу сказать, что метод этот - полный абсурд, но злоупотреблять им не следует: превращать ситематику в формальнубю систему, основанную на субъективно выбранных признаков (учесть их всех, на мой взгляд в реальности нет никакой возможности), не стоит - лучше уже вообще забыть об этой науке.

IMHO, о новомодных веяниях в образовании лучше не говорить - во-первых,поскольку этот вопрос является больным не только для одного жителя Израиля, но и для огромного количества жителей России, а во-вторых, потому что уж совсем оффтоп. А касательно сабжа - опять же, IMHO: если переходить на эти рельсы (т.е. на строго формализованные принципы), этот шаг надо сопроводить реформой систематики линнеевского масштаба.

 Этот шаг надо сопроводить реформой систематики линнеевского масштаба.

Она назревает уже давно. И совсем не по причине внедрения в систематику нумерических методов. Ведь еще появление учения Дарвина никак не повлияло на систематику. Эволюционное учение объяснило систему организмов, показало, что причиной сходства является родство, но в принципах систематики существенных изменений не произошло, а зря. Это можно объяснить господством традиционных и, можно сказать, реакционных представлений в систематике. Ведь и само учение Дарвина сначало было принято в штыки и даже сейчас отнюдь не является общепризнанным.

Так применяя теорию эволюции к систематике выходит, что никаких таксонов вовсе нет: эволюция-то скачков, необходимых для их выделения не делает. Есть только ветви разошедшиеся сильно и не очень. По-моему из этого и надо исходить. А почему они разшлись - это уже вопрос в количестве мутаций и скоростях их накопления.

Что до попыток реформировать систематику, то есть громадная литература по PhyloCode, нужны ссылки? Реформа идет
2 Chromocenter: Кто это Вам сказал, что эволюция не делает скачков?

"Кто это Вам сказал, что эволюция не делает скачков? "
Да как будто Дарвин... (Природа не делает скачков) Правда, его учение в чистом виде несколько устарело, (синтетической теорией подправили, да и о генах Дарвин ничего не мог знать), но всё равно, как же это скачки могут быть: "Первая птица вылупилась из яйца рептилии" (с) так, что ли? "Свежо предание, а верится с трудом." (Грибоедов)
Чего это меня на цитаты потянуло?

<Меня, честно говоря, изумили результаты голосования. Все равно как если бы предлагался опрос "Пользуетесь ли Вы мышкой при работе с компьютером" и большинство рассуждало бы в духе "Пока еще мыши недостаточно совершенны, чтобы быть полезными" или "Впервые слышу о таком устройстве...">

Результаты голосования предсказуемы и совершенно адекватны. В отличие от вашего изумления. И не нужно утрировать.

<одни только российские биологи идут не в ногу.>

Вот только не надо обобщать. Систематика, раз уж о ней зашла речь, - одна из немногих областей, где "наши биологи" идут более-менее в ногу. Вам не доводилось читать "смешных" западных статей и монографий, где "систематик", не разу в жизни не видевший насекомое под микроскопом, зато умеющий уверенно загружать матрицы в компутер, строит филлогению и рассуждает о системе группы? Печальное зрелище, надо сказать.

Нумерические методы - одни из многих в биологии. Также как и кладистический анализ, в частности. Причем, далеко не самые совершенные, уж извините, - что есть, то есть И признают это ДАЖЕ западные систематики (только тихо признают, чтобы грантодатели не услышали И нельзя категорично говорить об этих методах абстрактно. Специалист может извлечь много пользы от применения даже несовершенных нумерических методов. Пытающийся обобщать неспециалист - наделает глупостей с ЛЮБЫМИ методами.

<Так применяя теорию эволюции к систематике выходит, что никаких таксонов вовсе нет: эволюция-то скачков, необходимых для их выделения не делает.>

Есть единственный совершенно объективный таксон - это вид. Все остальные таксоны в той или иной мере условны. Эволюция идет как минимум скачками от вида к виду.

Сообщение было отредактировано Salix - 20.06.2006 03:13

Утрировал специально, потому что описанная ситуация достала. Хорошо, что Вы признаете право численных методов на существование наряду с прочими -- в этом отношении наши позиции, видимо, совпадают. Но, раз эти методы равнозначны остальным (а, кстати, что такое эти _остальные_?), то их надо использовать в работе -- а этого как раз не наблюдается

"Эволюция идет как минимум скачками от вида к виду."
В отдельных случаях возможно, но верно далеко не во всех случаях. Каким образом из одного вида в резултате скачка образуется другой? Я могу себе представить мутацию в каком-нибуть морфогене, который серьёзно изменяет строение животного. Но подобные мутации маловероятны, то есть такие мутанты будут выживать, думается, в довольно редких случаях: ведь помимо одного гена нужны и другие чтобы занять новую нишу. А возможно это только тогда, когда в приныпе возможно несколько вариантов развития и ген играет роль "переключателя". Впрочем, это всё уже не совсем систематика.
P. S. Кстати, филогении построенные только на одном гене (чаще рибосомной РНК) вызывают у меня мноооого скептицизма.

< Хорошо, что Вы признаете право численных методов на существование наряду с прочими - в этом отношении наши позиции, видимо, совпадают. Но, раз эти методы равнозначны остальным (а, кстати, что такое эти _остальные_?), то их надо использовать в работе - а этого как раз не наблюдается >

Согласен, что право на существование имеют все методы, и что активная борьба за чистоту науки от каких-то методов ни к чему хорошему не приведет. Но так же плохо, на мой взгяд, и бороться ЗА какие-то методы. Тут я имею в виду навязывание - не важно, административно, общественным мнением (популизм), финансово и т.п. Если люди НЕ используют нумерические методы - это их полное право. Если из-за неиспользования этих методов они окажутся неконкурентноспособны, а их научные результаты худшими - это только их проблемы.

Все методы неравнозначны. Объективно, субъективно, по доступности (затраты, оборудование, наличие необходимых смежных специалистов) - не важно. В этом и заключается высокое искусство исследователя, что он сам решает, какие методы использовать в конкретном случае, а какие - нет. Поэтому не нужно говорить про "надо" использовать ;-) Да здравствует Свобода! :-)

< "Эволюция идет как минимум скачками от вида к виду." В отдельных случаях возможно, но верно далеко не во всех случаях. >

Скачок - он может длиться сотни, тысячи лет. Он называется скачком лишь в сравнении с более продолжительным "плато", когда признаки б. м. постоянны. Допустим, 5% (цифру беру с бухты-барахты) "видов" в настоящее время находится в состоянии "скачка". Это не значит, что ссылаясь на эти 5% можно оспаривать существование вида. "Отдельные случаи", то бишь исключения, есть всегда и от них бывает много головной боли :-)

< Каким образом из одного вида в резултате скачка образуется другой? >

В деталях о видообразовании говорить не готов - не моя специальность... Можно завести отдельный топик на эту тему.

Сообщение было отредактировано Salix - 22.06.2006 17:07

Опять с Вами согласен. В российской систематике, IMHO, часто идет именно навязывание так называемых классических методов типа "когда Вы просмотрите 1000 гербарных листов, Вам все станет ясно с этой группой" или "постройте-ка сравнительную таблицу". У исследователя должен быть выбор, а выбор подразумевает наличие информации. Много ли Вы знаете практических руководств по численным методам систематики на русском?

В российской систематике, IMHO, часто идет именно навязывание так называемых классических методов типа "когда Вы просмотрите 1000 гербарных листов, Вам все станет ясно с этой группой" или "постройте-ка сравнительную таблицу". У исследователя должен быть выбор, а выбор подразумевает наличие информации.

Выбор должен быть, разумеется. Но согласитесь, какой же вы специалист, если не "просмотрели 1000 гербарных листов" чтобы получить представление о группе, а резво загрузили в комп признаки, найденные на десятке листов? Эдак можно эти листы в комп отсканировать и пусть он сам признаки выбирает.

Ну, так я и не говорю, что этого не надо делать. Речь о том, что такие методы навязываются, то есть предлагается использовать только их, причем как альтернативу остальным. Говоря про гербарно-табличные подходы, я имел в виду, что в данном случае упускают из виду не кладистику, а популяционно-статистические альтернативы.
<Эдак можно эти листы в комп отсканировать и пусть он сам признаки выбирает>
Вы, наверное, будете смеяться (а зря ) но я так и делал ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...12.2005.00468.x ), за тем исключением, что "комп" ничего не делал "сам".

"Скачек - он может длиться сотни, тысячи лет."
А-а-а, я просто понял буквально - скачок - значит скачёк. Если скачок - это движущий отбор, (грубо говоря), то да.
"Вы, наверное, будете смеяться (а зря ) но я так и делал ( http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1...12.2005.00468.x ), за тем исключением, что "комп" ничего не делал "сам". "
Не, ну думаю, что с самой обработкой никто тут спорить не собирается - речь в теме идёт как раз о тех случаях, когда комп "сам делает" (А человек публикует).

  В российской систематике, IMHO, часто идет именно навязывание так называемых классических методов типа "когда Вы просмотрите 1000 гербарных листов, Вам все станет ясно с этой группой" или "постройте-ка сравнительную таблицу".

Это и есть реакционные представления в систематике. При этом обычно дело не доходит даже до сравнительных таблиц.

  
"систематик", не разу в жизни не видевший насекомое под микроскопом, зато умеющий уверенно загружать матрицы в компутер, строит филлогению и рассуждает о системе группы.

А где такой горе-систематик берет матрицу для обработки ее нумерическими методами? Если он строит ее сам, то в микроскоп ему приходится смотреть по-любому, а если берет признаки из чужих работ - так эти признаки были найдены систематиками, которые в микроскоп также смотрели (я не беру случаи спекуляции). Конечно, хорошая матрица - это необходимая, но не достаточная составляющая при построении филогении нумерическими методами, но хорошую матрицу может составить только хороший систематик. Поэтому считаю грамотно выполненную нумерическую работу ничуть не хуже традиционной в систематическом отношении.

Ну всё же, по каким критериях отбираются признаки для матрицы? Насколько это объективно?
"Это и есть реакционные представления в систематике. При этом обычно дело не доходит даже до сравнительных таблиц."
Конечно, отрицать "с порога" плохо, но и злоупотреблять новшествами тоже не очень. (Ничего личного)

< А где такой горе-систематик берет матрицу для обработки ее нумерическими методами? Если он строит ее сам, то в микроскоп ему приходится смотреть по-любому, а если берет признаки из чужих работ - так эти признаки были найдены систематиками, которые в микроскоп также смотрели >

Весь курьез в том, что если он строит матрицу сам, то есть сначала "просматривает 1000 гербарных листов", то матрица зачастую ему становится особо и не нужна - все эти признаки "висят" в голове, там же в голове рождаются всякие мысли относительно системы группы и т.п. Если таких мыслей после "просмотра 1000 гербарных листов" не появилось, - это верный признак, что нужно бросать науку и переквалифицироваться в агрономы.

Если он берет слепо признаки из чужих работ, тут тоже много всяких "но". Во-первых, не всем авторам следует безоглядно доверять. Где уверенность, что ВСЕ авторы правильно определили материал? Где уверенность, что ВСЕ авторы правильно увидели и поняли признаки? Второе, один автор указывает одни признаки, другой автор - другие. Обычно бывает много пробелов. Для построения полной матрицы все равно придется много смотреть самому. Третье, ценность признаков. Например, при анализе одних таксонов признак А может отлично работать, при анализе других - не работать. Чтобы это понять, нужно самому много и упорно смотреть материал, определять. Как понять ценность признаков, заглянув в чужие работы (даже если работа выполнена высококвалифицированным специалистом), где зачастую ценность признаков не обсуждается? Четвертое, комьютерные системы строятся по принципу "рациональности". Могу поспорить с тем, что эволюция - исключительно рациональный процесс.

Могу привести пример бездумного "компьютерного" подхода. Есть некая группа насекомых. У некоторых видов на щитике развит шипик, у других - шипика нет. Казалось бы, очень удобный признак. Этот признак зачастую включается в матрицу: "шипик есть" либо "шипика нет". На самом деле шипик шипику рознь. 1) Шипик появляется в одной ветви, затем у ряда видов исчезает, причем редукция прослеживается у ряда близких видов очень четко. 2) В другой ветви сходный (да не совсем) шипик появляется у нескольких видов как результат радиального расхождения, но в целом для группы не характерен. К этому пониманию приходит всякий, кто просмотрел "1000 гербарных листов". Но нет же, находятся время от времени "компьютерные специалисты", которые вдруг замечают шипики, которых "эти реакционные классические систематики" не увидели, и строят свои оригинальные безумные системы.

Из написанного мною может показаться, что я ярый противник нумерических методов, кладизма и т.п. Это не совсем так. Каждому методу отведено свое место в исследовании. И не обязательно эти методы категорично противопоставлять друг другу.

 Если таких мыслей после "просмотра 1000 гербарных листов" не появилось, - это верный признак, что нужно бросать науку и переквалифицироваться в агрономы.

Не в агрономы, а в управдомы.

 Весь курьез в том, что если он строит матрицу сам, то есть сначала "просматривает 1000 гербарных листов", то матрица зачастую ему становится особо и не нужна - все эти признаки "висят" в голове, там же в голове рождаются всякие мысли относительно системы группы и т.п.

Нумерические методы обеспечивают воспроизводимость результатов и как минимум видимую объективность выводов. Выводы классического систематика вполне могут оказаться лучше выводов, полученных нумерическими методами, но они практически не воспроизводимы, а конкретный механизм их получения умирает вместе с классическим систематиком.
Кроме этого матрица - это наиболее наглядная форма представления данных.
Пример с шипиками - это классический пример неправильного составления матрицы, а нумерические методы здесь абсолютно не причем.

Слушайте - вот чего я не пойму никак: зачем в наше время строить такие вещи как система и филогения по морфологии? Есть ведь ДНК - стройте по множественным выравниваниям. Тут, конечно, тоже проблемм масса, но хотя бы один из основных недостатоков: какие признаки вносить в матрицу, а какие - нет, практически отпадает. На морфологии основывались тогда, когда о ДНК ничего не знали, но ведь сырой материал эволюции - то есть мутации- происходят именно там, а морфология уже вторична, со всеми вытекающими отсюда последствиями?

< В российской систематике, IMHO, часто идет именно навязывание так называемых классических методов типа "когда Вы просмотрите 1000 гербарных листов >

Честно говоря, не очень понял, что значит "навязывание". Когда я пришел в аспирантуру, меня учили смотреть "гербарные листы" и составлять сравнительные таблицы. Это называется "Школа". Если бы я пришел в другой институт, возможно, там учили бы работать иначе, и это нормально. Действительно, отечественная школа систематики основана на просмотре "гербарных листов". Не вижу ничего в этом плохого. Также не видел, чтобы кому-то всерьез препятствовали использовать "передовые негербарные" методы. Разумеется, если аспирант начинает учить руководителя "как правильно делать науку", используя компьютеры и кладистику, это выглядит несколько странно. И заканчивается обычно именно "навязыванием" аспиранту старых классических методов. Так на то аспирант и существует, чтобы в первую очередь учиться и еще раз учиться, а не выступать.