Описания новых видов без морфологии

оооо, здравствуй, маразм

  ...."молекулярных систематиков"...

Crypsis quasicryptes, sp. nov.
gene A: ACCGTTAAGTCTACGTAWCGATGGCGCTA.
This species is distinguished by this gene from all others in this species complex by the two  synapomorphies.

Молекулярные систематики, таким образом, могут систематизировать молекулы, но не виды организмов.

Как будто сложно было сравнить габитус/причиндалы!
Такое впечаление, что статья написана, чтобы создать прецедент...

  Как будто сложно было сравнить габитус/причиндалы!
Такое впечаление, что статья написана, чтобы создать прецедент...

Вообще-то прецедент был уже создан два года назад Лухтановым

Файл/ы:



 Lukhtanov_and_Shapoval_Agrodiaetus__Doklady.pdf

размер: 184.59к

кол-во скачиваний: 376

  Вообще-то прецедент был уже создан два года назад Лухтановым

Да я не против выделения криптовидов на основе молекулярки -- скоро без нее вообще описывать не будут -- я о принципиальном игнорировании внешних признаков.
Могли бы по крайней мере написать "внешних отличий не найдено".

Вот статья, которая отчасти может способствовать таким взглядам на морфо-генитальные характеристики. В частности раздел статьи:
(g) DNA barcoding versus morphology

Файл/ы:



 Dinca_etal_2010_Barcoding_butterflies_in_Romania.pdf

размер: 871.89к

кол-во скачиваний: 536

А иногда морфология вообще бессильна дать верный результат при идентификации отдельных экземпляров.

Файл/ы:



 Hybrid_Lysandra.pdf

размер: 218.67к

кол-во скачиваний: 1954

  Молекулярные систематики, таким образом, могут систематизировать молекулы, но не виды организмов.

Из этого высказывания можно заключить, что организмы состоят не из молекул?
Тогда и сравнительная анатомия пригодна только для систематизации органов, но не организмов.

Нет. Это абсурд - систематизация организмов только на основе последовательностей ДНК. Как прикажете в природе то их различать? Летит последовательность TGAGCCAA или TGACGCAA?

  Из этого высказывания можно заключить, что организмы состоят не из молекул?
Тогда и сравнительная анатомия пригодна только для систематизации органов, но не организмов.

Сравнительная анатомия (сравнительная морфология) — биологическая дисциплина, изучающая общие закономерности строения и развития органов и систем органов при помощи их сравнения у животных разных таксонов на разных этапах эмбриогенеза.
(Википедия)

к систематике не имеет абсолютно никакого отношения.

А не может ли случится так, что морфология, в какой-то мере, опровергнет генетику? Если так выяснится, что чуть ли не каждый n-й экз. - новый вид на основе подобных исследований?

  Сравнительная анатомия (сравнительная морфология) — биологическая дисциплина, изучающая общие закономерности строения и развития органов и систем органов при помощи их сравнения у животных разных таксонов на разных этапах эмбриогенеза.
(Википедия)

к систематике не имеет абсолютно никакого отношения.

Не только ОБЩИЕ закономерности строения, но и РАЗЛИЧИЯ в строении.
И не только на этапах эмбриогенеза.
Станислав, Вы как-то "потеряли" часть фразы: "сравнения у животных разных таксонов".
Поэтому к систематизации организмов имеет наипрямое отношение.
Когда идет описания таксона не прилагается ли дифференциальная диагностика - не это ли сравнительная морфология (сравнительная анатомия)?

Сообщение было отредактировано bora - 03.09.2010 16:05

  А не может ли случится так, что морфология, в какой-то мере, опровергнет генетику? Если так выяснится, что чуть ли не каждый n-й экз. - новый вид на основе подобных исследований? 

Пока что такого не выясняется. У меня есть серии одного вида по 30 экз. и имеют очень однородную структуру генов внутри вида. Причем идентичную данным других исследователей для этого же вида. Так что N-ные экземпляры попадают внутрь выборки и отдельными "видами" не становятся.
И, кстати, прочитайте статью из поста № 7.

Сообщение было отредактировано bora - 03.09.2010 16:00

  Не только ОБЩИЕ закономерности строения, но и РАЗЛИЧИЯ в строении.
И не только на этапах эмбриогенеза.
Станислав, Вы как-то "потеряли" часть фразы: "сравнения у животных разных таксонов".
Поэтому к систематизации организмов имеет наипрямое отношение.
Когда идет описания таксона не прилагается ли дифференциальная диагностика - не это ли сравнительная морфология (сравнительная анатомия)?

Это определение, которое в университетах преподают. Из университетского курса. Вполне логично, что сравнение идет для разных таксонов. Если сравнивать у одного - это будет уже не сравнительная анатомия (морфология), а накопление статистики.

  А не может ли случится так, что морфология, в какой-то мере, опровергнет генетику? Если так выяснится, что чуть ли не каждый n-й экз. - новый вид на основе подобных исследований? 

И не только может, а уже случается. Свежий пример - европейцы хорошо раздраконили молекулярку целого ряда европейских же видов Syrphidae рода Merodon, обнаружив, конечно, как бы виды-двойники с разной молекуляркой. И всё бы хорошо, да у южноевропейского M. loewi и M. papillus с о-ва Лесбос - она (молекулярка) одинакова. Хиатус во внешней морфологии и в строении гениталий самца - отменный.

Ståhls G., Vujic A., Pérez-Bañon C., Radenkovic S., Rojo S. and Petanidou T. COI barcodes for identification of Merodon hoverflies (Diptera, Syrphidae) of Lesvos Island, Greece // Molecular Ecology Resources. — 2009. — Vol., iss. 6. — P. 1431–1438.
DNA barcoding has become a useful system for linking different biological life stages, and for identification of species within a known taxonomic framework. In this study, we generated mitochondrial DNA COI barcodes using adult specimens of all 22 species of the hoverfly genus Merodon (Diptera, Syrphidae) occurring on Lesvos island (Greece). The generated COI barcodes could well discriminate between all Merodon taxa of Lesvos, except for M. loewi and M. papillus that shared the same haplotype, despite their clear morphological differences. In addition, the barcodes revealed two cases of hitherto unknown morphologically cryptic species close to M. avidus and M. nigritarsis, respectively. Because only few successful rearings of immature stages of Merodon hoverflies are available, the larval host plant remains unknown for these phytophagous taxa. The obtained COI barcode library for the Merodon spp. of Lesvos will constitute a tool to link any unknown immature stages with already known species, and thus provide important life-history information and promise for ecological studies.

  Это определение, которое в университетах преподают. Из университетского курса. Вполне логично, что сравнение идет для разных таксонов. Если сравнивать у одного - это будет уже не сравнительная анатомия (морфология), а накопление статистики.

Это определение не из университетского курса, а из Википедии, что далеко не одно и тоже.
Вот другое определение (из Академики).
"Сравнительная анатомия
(anatomia comparativa) — не есть в сущности особая наука, а метод. Содержание ее то же, что и зоологии, но в С. анатомии фактический материал излагается в ином порядке. С. анатомия, избирая тот или другой орган, следит за его видоизменениями у всех тех животных, у которых он встречается. Иначе говоря, в С. анатомии тот морфологический материал, который в зоологии сообщается применительно к систематическим группам (см.), излагается по органам."

Да, это главная проблема молекулярной систематики - наличие видов, которые могут не различаться по стандартным фрагментам ДНК. Пытались даже посчитать сколько таких видов - получается около 5-7%.

Но меня огорчило в прилагаемой статье не это. Практика описывать виды-двойники только по молекулярке скоро стане обычным делом - это уже не миновать. Но кто будет определять, что данные виды - именно двойники, т.е. морфологически не отличаются? Новое поколение систематиков далеко не всегда с морфологией на "ты" - им, порой, посмотреть те же гениталии сложнее, чем сделать сиквенс.

  Это определение не из университетского курса, а из Википедии, что далеко не одно и тоже.
Вот другое определение (из Академики).
"Сравнительная анатомия
(anatomia comparativa) — не есть в сущности особая наука, а метод. Содержание ее то же, что и зоологии, но в С. анатомии фактический материал излагается в ином порядке. С. анатомия, избирая тот или другой орган, следит за его видоизменениями у всех тех животных, у которых он встречается. Иначе говоря, в С. анатомии тот морфологический материал, который в зоологии сообщается применительно к систематическим группам (см.), излагается по органам."

Дык, а я о чем? При чем тут систематика? Речь то идет об эволюции . Глубочайшее заблуждение сравнительную морфологию с систематикой как-либо отождествлять.

bora
Cравнительная анатомия - часть сравнительной морфологии. Это совершенно сложившаяся наука, основу которой заложил Кювье. Одного "сравнительно-анатомического метода" не существует, поскольку методов у сравнительной морфологии много и они очень разные. Задача сравнительной морфологии - не только простое сравнение, но и изучение становления структуры в онто- и филогенезе. Иначе говоря, мы определяем не только морфологический ряд, но и пытаемся установить его эволюционную полярность.

  Да, это главная проблема молекулярной систематики - наличие видов, которые могут не различаться по стандартным фрагментам ДНК. Пытались даже посчитать сколько таких видов - получается около 5-7%.

Но меня огорчило в прилагаемой статье не это. Практика описывать виды-двойники только по молекулярке скоро стане обычным делом - это уже не миновать. Но кто будет определять, что данные виды - именно двойники, т.е. морфологически не отличаются? Новое поколение систематиков далеко не всегда с морфологией на "ты" - им, порой, посмотреть те же гениталии сложнее, чем сделать сиквенс.

Нет такого понятия - молекулярная систематика. Для того, чтобы выкладки исследователей ДНК в систематику оформились, потребно накопление данных о ДНК-последовательностях, полагаю, хотя бы половины того видового разнообразия, что описано традиционными методами. И не одного гена COI, а хотя бы половины генома (а лучше - генома целиком). Пока что это задача неприподъемная. А строить систему на одном ферменте - это такой же, простите, популизм. как использовать для нее, скажем, только дискальное пятно у бабочек.

  И не только может, а уже случается. Свежий пример - европейцы хорошо раздраконили молекулярку целого ряда европейских же видов Syrphidae рода Merodon, обнаружив, конечно, как бы виды-двойники с разной молекуляркой. И всё бы хорошо, да у южноевропейского M. loewi и M. papillus с о-ва Лесбос - она (молекулярка) одинакова. Хиатус во внешней морфологии и в строении гениталий самца - отменный.

Ståhls G., Vujic A., Pérez-Bañon C., Radenkovic S., Rojo S. and Petanidou T. COI barcodes for identification of Merodon hoverflies (Diptera, Syrphidae) of Lesvos Island, Greece // Molecular Ecology Resources. — 2009. — Vol., iss. 6. — P. 1431–1438.

Беда и ошибка тут в том, что использовался только DNA COI barcodes. Применять только митохондриалку некорректно. Обязательно параллельно надо изучать и ядерные гены (как, например, у Лухтанова). С митохондриалкой может произойти интрагрессия (фиксация в популяции одного вида гена другого вида, произошедшая в результате некогда прошедшей гибридизации двух видов, по-видимому, когда подцепившая чужой ген популяция вида была в состоянии "бутылочного горлышка"). Одновременная замена и митохондриальных, и ядерных генов невозможна.
Т.е., в приведенном случае налицо не ошибка метода, а методологическая недоработка и некий частный случай, который надо просто изучать дальше.

Вопрос в другом - в чем прикол? Просто описать?

Кстати, впорос и такой - а людей разных расс кто-нибудь сравнивал? Насколько велики отличия?

  Беда и ошибка тут в том, что использовался только DNA COI barcodes. Применять только митохондриалку некорректно. Обязательно параллельно надо изучать и ядерные гены (как, например, у Лухтанова). С митохондриалкой может произойти интрагрессия (фиксация в популяции одного вида гена другого вида, произошедшая в результате некогда прошедшей гибридизации двух видов, по-видимому, когда подцепившая чужой ген популяция вида была в состоянии "бутылочного горлышка"). Одновременная замена и митохондриальных, и ядерных генов невозможна.
Т.е., в приведенном случае налицо не ошибка метода, а методологическая недоработка и некий частный случай, который надо просто изучать дальше.

Если это так - то это прекрасно. Спасибо за разъяснение, bora!

  Вопрос в другом - в чем прикол? Просто описать?

Кстати, впорос и такой - а людей разных расс кто-нибудь сравнивал? Насколько велики отличия?

По митохондриалке - 5 расс. Причем 4 - африканские негроиды, а пятая - все остальные + восточноафриканские негроиды.

  любопытно. знчит ли это. что я и моя жена - негроиды?

Нет, это просто некий частный случай, который надо просто изучать дальше

  И не одного гена COI, а хотя бы половины генома (а лучше - генома целиком).

Вполне хватит несколько несцепленных между собой генов. Даже только один-единственный митохондриальный фермент (СО1) дает 97.8% (статья выше) вероятности правильного определения. И то, ошибка возникла только у скрещивающихся видов (например, C.crocea и C.erate, о которых уже шел как-то разгоор).
Если привлечь дополнительно 1-2 ядерных гена (и желательно белокнекодирующих), то вероятность ошибки будет стремиться к нулю.
А вот если смотреть весь геном, тогда "одним видом" (т.е., с почти идентичным геномом) будут только однояйцевые близнецы.

  любопытно. знчит ли это. что я и моя жена - негроиды?

Думаю, что все мы здесь на форуме вышли из восточноафриканских негроидов (если, конечно, бушмен не затесался).

  bora
Cравнительная анатомия - часть сравнительной морфологии. Это совершенно сложившаяся наука, основу которой заложил Кювье. Задача сравнительной морфологии - не только простое сравнение, но и изучение становления структуры в онто- и филогенезе. Иначе говоря, мы определяем не только морфологический ряд, но и пытаемся установить его эволюционную полярность.

Извините меня за ограниченность, но я не припоминаю, чтобы Кювье занимался онтогенезом, а тем более филогенезом.

Сообщение было отредактировано bora - 03.09.2010 17:49

  И не только может, а уже случается. Свежий пример - европейцы хорошо раздраконили молекулярку целого ряда европейских же видов Syrphidae рода Merodon, обнаружив, конечно, как бы виды-двойники с разной молекуляркой. И всё бы хорошо, да у южноевропейского M. loewi и M. papillus с о-ва Лесбос - она (молекулярка) одинакова. Хиатус во внешней морфологии и в строении гениталий самца - отменный.

Здесь проблема в данном конкретном случае, а не в принципе вообще.

Плохо выбраны последовательности, не набрана ВНУРИ видовая, родовая, и т. д. вариабильность по одному, ДВУМ, и т. д. последовательностям (НЕ ОБЯЗАТЕЛЬНО ГЕНАМ).

Все точно также как и внешнкей морфологией, только на уровне последовательностей. Очень даже логично.

  в чем прикол?

В том то и дело что не прикол, а современный научный метод.

Учите "матчасть", то есть биологию, которая все хуже и хуже решается

любительскими подходами.

  Это, например, какими?

Это, например, изучением более светлых или более темных перевязей на исподе задних крыльев самцов с описанием на этой основе "новых видов".

Сообщение было отредактировано bora - 03.09.2010 18:18

  Еще 20 лет назад такая идея показалась бы бредовой.

И 20 лет назад ничего бредового в этои не было. А было вот что

1. недостаточность оснащения, методов и времени для ПОЛУЧЕНМЯ и ИЗУЧЕНИЯ

данных. Сейчас это другое дело, а завтра это будет дешевле чем "щитать щетинки

на верхней стороне голени". НЕ ТАК РОМАНТИЧНО конечно, но ничем не хуже.

2. Были люди которые не хотели особенно вдаватся в "дебри геномных

процессов". А зачем, под лупой (бинокуляром, микроскопои, эл. микроскопом

ЧТО-ТО видно). Тогда. лет 30 назад это можно было понять, НО НЕ СЕГОДНЯ.

СЕГОДНЯ надо или овладевать или оставаться коллекционером романтиком.

  И 20 лет назад ничего бредового в этои не было. А было вот что

1. недостаточность оснащения, методов и времени для ПОЛУЧЕНМЯ и ИЗУЧЕНИЯ
данных. Сейчас это другое дело, а завтра это будет дешевле чем "щитать щетинки
на верхней стороне голени". НЕ ТАК РОМАНТИЧНО конечно, но ничем не хуже.
2. Были люди которые не хотели особенно вдаватся в "дебри геномных
процессов". А зачем, под лупой (бинокуляром, микроскопои, эл. микроскопом
ЧТО-ТО видно). Тогда. лет 30 назад это можно было понять, НО НЕ СЕГОДНЯ.
СЕГОДНЯ надо или овладевать или оставаться коллекционером романтиком.

Прелестно!!!

  Это, например, какими?

На моем примере, любительские методы - это тоя что я использую для определения своих жуков дома (бинокуляр у меня есть)
а профессиональными, и несравненно более дорогими по затратам (платила лаборатории в котрых я работал), я занимался когда сравнивал последовательности геномов (целиком и по отдельным генам и по последовательности белков которые считывались с этих генов) вирусов одной близкой группы, мы их называли род, и виды, но это условно, так как такие БИОЛОГИЧЕСКИЕ понятия у вирусов не так хорошо разработаны как у НЕВИРУСОВ.

И страсть как любил из полученных последовательностей строить филогенетические древеса, и рассуждать кто от кого произошел.

Так вот, у вирусов определить вид (условно называю здесь это понятие, конечно) проще по последовательности нуклеиновой кислоты чем по его ВНЕШНОСТИ видимой в электронном микроскопе. И так было давно.

Сообщение было отредактировано amara - 03.09.2010 18:37

  И 20 лет назад ничего бредового в этои не было. А было вот что
1. недостаточность оснащения, методов и времени для ПОЛУЧЕНМЯ и ИЗУЧЕНИЯ
данных. Сейчас это другое дело, а завтра это будет дешевле чем "щитать щетинки
на верхней стороне голени". НЕ ТАК РОМАНТИЧНО конечно, но ничем не хуже.
2. Были люди которые не хотели особенно вдаватся в "дебри геномных
процессов". А зачем, под лупой (бинокуляром, микроскопои, эл. микроскопом
ЧТО-ТО видно). Тогда. лет 30 назад это можно было понять, НО НЕ СЕГОДНЯ.
СЕГОДНЯ надо или овладевать или оставаться коллекционером романтиком.

Аплодирую стоя!

  На моем примере, любительские методы - это тоя что я использую для определения своих жуков дома (бинокуляр у меня есть)
а профессиональными, и несравненно более дорогими по затратам (платила лаборатории в котрых я работал), я занимался когда сравнивал последовательности геномов (целиком и по отдельным генам и по последовательности белков которые считывались с этих генов) вирусов одной близкой группы, мы их называли род, и виды, но это условно, так как такие БИОЛОГИЧЕСКИЕ понятия у вирусов не так хорошо разработаны как у НЕВИРУСОВ.

И страсть как любил из полученных последовательностей строить филогенетические древеса, и рассуждать кто от кого произошел.

Так вот, у вирусов определить вид (условно называю здесь это понятие, конечно) проще по последовательности нуклеиновой кислоты чем по его ВНЕШНОСТИ видимой в электронном микроскопе. И так было давно.

Офигенно, сравнили тупой вирус, у которого кроме белкового капсида (в лучшем случае) больше посмотреть не на что, и сложное живое существо.

  И 20 лет назад ничего бредового в этои не было. А было вот что

1. недостаточность оснащения, методов и времени для ПОЛУЧЕНМЯ и ИЗУЧЕНИЯ

данных. Сейчас это другое дело, а завтра это будет дешевле чем "щитать щетинки

на верхней стороне голени". НЕ ТАК РОМАНТИЧНО конечно, но ничем не хуже.

2. Были люди которые не хотели особенно вдаватся в "дебри геномных

процессов". А зачем, под лупой (бинокуляром, микроскопои, эл. микроскопом

ЧТО-ТО видно). Тогда. лет 30 назад это можно было понять, НО НЕ СЕГОДНЯ.

СЕГОДНЯ надо или овладевать или оставаться коллекционером романтиком.

А ещё через 10 лет изобретут аппарат, в который можно будет кинуть кусок ткани и он выдаст название организма, и все систематики разом останутся без работы.

Безусловно, не надо впадать и в другую крайность.

Есть группы, билогические виды которых различается любым новичком с расстояния метра, и здесь тратить деньги на выделение ДНК не надо.
Хотя и в таком случае может прийти дотошный специалист и обнаружить что "хороший" вид состоит на самом деле из десяти, а то и из несколько десятков. отдельных видов (как пример из ботаники, одуванчик или манжетка).

  Офигенно, сравнили тупой вирус, у которого кроме белкового капсида (в лучшем случае) больше посмотреть не на что, и сложное живое существо.

Нет, я это привел как упрощенный случай, но оговорил что у вирусов свои проблемы с систематикой, отличные от НЕВИРУСОВ.